空き家売却時の税金について！軽減できる特例も解説

相続などで取得したものの、利用する予定のない空き家の売却にあたり、税金がいくらかかるのか分からずお困りではありませんか。
複雑な税金の仕組みを理解しないまま放置したり、手続きを進めたりすると、本来払わなくて済むはずの多額の税金を納めることになりかねません。
本記事では、空き家売却時に課税される3種類の税金や所有期間による税率の違いから、節税効果を最大化できる2つの特例まで解説いたします。
今後空き家の売却を検討しており、支払う税金を最小限に抑えて損をすることなく賢く手続きを進めたい方は、ぜひご参考になさってくださいね。

空き家売却時にかかる3種類の税金

空き家を売却した際にかかる税金には、主に譲渡所得税、復興特別所得税、住民税の3種類があります。
それぞれの税金の計算手順や、実際に課税されるタイミングについて詳しく解説します。

譲渡所得税の計算方法

譲渡所得税は、空き家の売却価格ではなく、売却で生じた利益である譲渡所得に課される税金です。
計算では、売却価格から購入代金などの取得費と、仲介手数料や測量費などの譲渡費用を差し引きます。
また、建物の取得費は購入額をそのまま使わず、所有期間に応じた減価償却費相当額を控除します。
取得費が分からない場合は、売却価格の5％を概算取得費として扱えますが、実額より低ければ税負担が増える可能性があるため確認をしましょう。
さらに、算出した譲渡所得から使える特別控除を差し引き、残額に所定の税率を掛けて税額を求めます。
領収書や契約書類を集め、取得費と売却費用を整理しておくことが大切です。

復興特別所得税の仕組み

復興特別所得税は、売却で譲渡所得税が生じた場合に、所得税へ上乗せして納める税金です。
税額は、譲渡所得2026年分までは、所得税額に2.1％を乗じて計算します。
また、2027年分以後は税率が1.1％となり、課税期間は2047年まで延長されます。
空き家を売却した翌年の確定申告では、譲渡所得税と併せて計算し、原則として3月15日までに納付を済ませましょう。
なお、期限が土日や祝日に当たる場合は、次の平日へ延びるため確認しましょう。
少額に見えても税額計算へ含める必要があるため、所得税だけで資金を見積もらないよう注意が必要です。

住民税が課税される流れ

住民税は、空き家を売却した年にすぐ納めるのではなく、翌年度に課税される税金です。
確定申告の内容が税務署から市区町村へ共有され、その情報をもとに税額が計算されます。
そのため、原則として一般的に売却した翌年の5月から6月頃に通知書が届き、定められた期限までに納付します。
納付は、納付書や口座振替で支払う普通徴収と、勤務先の給与から差し引かれる特別徴収の2種類です。
また、給与以外の譲渡所得分を自分で納めたいときは、確定申告書で普通徴収を選択すると良いでしょう。
通知後に慌てないよう、想定される住民税を売却代金から確保し、翌年の家計に組み込むことが大切です。

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所有期間で変わる譲渡所得税の税率と負担

譲渡所得税の税率は、空き家を所有していた期間が5年を超えるか否かで大きく変動します。
ここでは、長期と短期それぞれの税率の違いや、取得日が不明な場合の対処法を比較しながら説明します。

長期譲渡所得の税率

長期譲渡所得は、空き家を売却した年の1月1日時点で、所有期間が5年を超えている場合に適用されます。
購入日から売却日までを単純に数えないため、取得から5年後でも短期扱いになる場合があるため注意が必要です。
また、相続や贈与で取得した空き家は、原則として前の所有者が取得した日を引き継いで判定します。
そのため、親が長年所有していた実家なら、相続後すぐに売却しても長期譲渡所得になる可能性が高いでしょう。
税率は所得税15％、住民税5％、復興特別所得税0.315％で、合計20.315％です。
売却時期を決める際は、登記簿や契約書で取得日を確認し、1月1日基準で所有期間を計算しましょう。

短期譲渡所得の税率

短期譲渡所得は、空き家を売却した年の1月1日時点で、所有期間が5年以下の場合に適用されます。
税率は所得税30％、住民税9％に、復興特別所得税0.63％を加えた合計39.63％です。
一方、長期譲渡所得の合計税率は20.315％であり、同じ利益でも納税額に差が生じます。
たとえば、課税譲渡所得が1,000万円なら、税額は長期で約203万円、短期では約396万円となります。
そのため、所有期間が5年前後の空き家は、売却の時期によって手取り額が変わる可能性があるのです。
ただし、判定基準となる譲渡日は原則として引き渡し日ですが、納税者の選択により売買契約の効力発生日とすることもできるため、1月1日との関係も含めて確認しましょう。

取得日不明時の計算方法

取得日が分からない場合は、登記事項証明書や閉鎖謄本を確認し、取得時期を示す資料を集めます。
所有権移転登記の受付日や原因日、住宅ローンの抵当権設定日などが手がかりになるためです。
また、固定資産税台帳や建築確認済証、売買契約書が残っていれば、取得日の裏付けとして役立ちます。
取得費が不明な建物は標準的な建築価額表から推計でき、土地も市街地価格指数などを使う方法があります。
ただし、推計額は地域や物件の条件で変わるため、複数の資料の日付や内容を照合することが欠かせません。
判断が難しいときは、自己判断で申告せず、資料をそろえて税務署や税理士へ相談すると安心でしょう。

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空き家売却の負担を減らす2大特例の活用

空き家の売却では、要件を満たすことで税金の負担を大幅に減らせる特別控除が存在します。
節税効果を最大化するための特例の内容や、確実な確定申告の手続き手順を紹介します。

3000万円控除の条件

相続した空き家には、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける特別控除があります。
対象は、1981年5月31日以前に建築された家屋で、売却代金が1億円以下のものです。
また、被相続人が死亡直前まで1人で住み、相続後に賃貸や事業へ使われていないことも求められます。
原則として、耐震改修後に家屋と土地を売るか、建物を取り壊して更地にしたうえで売却しなければなりません。
ただし、2024年1月1日以後の譲渡で、対象となる家屋や敷地を取得した相続人が3人以上の場合は、控除額が1人あたり最大2,000万円となります。
申告には市区町村が発行する被相続人居住用家屋等確認書が必要なため、必要書類をそろえ、早めに申請しましょう。

10年超所有の軽減税率

以前住んでいた空き家を売る場合は、10年超所有の軽減税率を使える可能性があります。
条件は、売却した年の1月1日時点で、家屋と土地をともに10年超所有していることです。
また、住まなくなった日から3年を経過する年の12月31日までに売却する必要があります。
適用されると、課税譲渡所得6,000万円以下の部分は、所得税10％、復興特別所得税0.21％、住民税4％の合計14.21％です。
一方、6,000万円を超える部分には、通常の長期譲渡所得の税率20.315％が適用されます。
期限を過ぎると利用できないため、所有期間と退去日を確認し、早めに売却計画を立てましょう。

特例の併用と申告手続き

特例を選ぶ際は、売主自身が住んでいた家か、被相続人が暮らしていた家かをまず確認します。
ご自身の居住用財産に使える3,000万円控除は、10年超所有の軽減税率と併用できます。
一方、相続した空き家に適用する3,000万円控除は、10年超所有の軽減税率と併用できません。
また、申告には確定申告書や譲渡所得の内訳書、売買契約書の写しに加え、特例ごとの証明書類が必要です。
買主による解体や耐震改修を条件とする場合は、契約時に工事内容と完了期限を明確にしておきましょう。
必要書類や期限は制度によって異なるため、売却前から整理し、迷う点は税務署や税理士へ相談すると安心です。

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まとめ

空き家を売却すると、譲渡所得税、復興特別所得税、住民税という3種類の税金がかかり、それぞれの計算方法や納付タイミングを把握することが大切です。
譲渡所得税の税率は、売却した年の1月1日時点で所有期間が5年を超える長期か5年以下の短期かで大きく異なるため、引き渡し時期の事前確認が重要です。
相続した空き家の3000万円控除や10年超所有の軽減税率など、条件を満たす特例を活用して適切な確定申告をおこなうことで、税金の負担を減らせるでしょう。
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